audit kinerja instansi pemerintah dengan audit operasional sebagai berikut:

• Audit kinerja lebih menekankan pada hasil atau “results based” artinya fokus dari audit kinerja adalah peningkatan hasil atau kinerja, sedangkan audit operasional menekankan pada proses atau “process review” artinya fokus kepada seberapa baik suatu proses dikendalikan.
• Audit kinerja mendasarkan pengujiannya pada kerangka Indikator Kinerja Utama (IKU) sebagai kriteria efisiensi dan efektivitas operasi sedangkan audit operasional lebih menekankan pada ketaatan pada peraturan yang berlaku sebagai kriteria.
• Audit kinerja mendasarkan saran perbaikan kinerja pada identifikasi kelemahan sebagaimana ditunjukkan oleh hasil capaian kinerja sesuai dengan kerangka IKU yang dipergunakan, sedangkan audit operasional mendasarkan saran perbaikan pada kelemahan yang ditemukan dari hasil evaluasi atas pengendalian manajemen yang diterapkan.
• Pedoman audit operasional yang ada saat ini dipandang terlalu umum dan belum menjelaskan teknik‐teknik yang mungkin berguna dalam pelaksanaan audit kinerja seperti Customer Surveys, Activity Mapping, Benchmarking, dan sebagainya.

Perbedaan audit kinerja dan audit operasional, secara ringkas, dapat disajikan pada tabel di bawah ini.