Satuan Pengawas Internal (SPI) IAIN Pekalongan dibentuk berdasarkan SK Ketua STAIN Nomor 003 Tahun 2016 tanggal 4 Januari 2016 dengan nama Sistem Pengendalian Internal. Seiring dengan telah diberlakukannya PMA RI No. 47 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Pekalongan. Berdasarkan ortaker tersebut, SPI sebagai organ pengawasan yang mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, pengendalian, evaluasi dan audit di bidang keuangan dan kinerja institut sesuai SK Rektor IAIN Pekalongan Nomor 010 Tahun 2017 tentang Satuan Pengawas Internal (SPI).